3故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后在此期间查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都Tom Mason被推选为政治领袖相当于总统但他大多数时间不是待在办公室里处理政务还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻与前任Manchester博士比起来Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战但这引发了一些人类的不满两个种族的关系持续紧张「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹以纪念在2结尾英勇牺牲的领袖「红眼」Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人无论人类还是「突击者」都明白他们即便联手也很难打败强大的敌人此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni虽然他们的君王已死但另一个更强大更邪恶的君王刚刚继承了统治权更糟糕的是一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场
